سنّ او در هنگام شهادت پدر، سبب شد تا شماری از اصحاب امام رضا(ع)، در امامت او تردید کنند؛ برخی عبدالله بن موسی را امام خواندند و برخی دیگر به واقفیه پیوستند، اما بیشتر آنان امامت محمد بن علی(ع) را پذیرفتند.

ارتباط امام جواد(ع) با شیعیان، بیشتر از طریق وکیلانش و به شکل نامه‌نگاری انجام می‌گرفت. در دوره امامت امام نهم شیعیان، فرقه‌های اهل حدیث، زیدیه، واقفیه و غلات فعالیت داشتند. وی شیعیان را از عقاید آنان آگاه می‌کرد و از نماز خواندن پشت سر آنها نهی و غالیان را لعن می‌نمود.

مناظرات علمی امام جواد(ع) با عالمان فرقه‌های اسلامی در مسائل کلامی، همچون جایگاه شیخین و مسئله‌های فقهی مانند حکم قطع کردن دست دزد و احکام حج، از مناظرات معروف امامان معصوم دانسته شده است.

عالمان اهل سنت، پیشوای نهم شیعیان را به عنوان یک عالم دینی احترام می‌کنند. برخی از آنان شخصیت علمی جوادالأئمه را ممتاز دانسته‌و شیفتگی مأمون به او را به دلیل شخصیت علمی و معنوی او در کودکی دانسته‌اند. آنان همچنین از برتری محمد بن علی(ع) در ویژگی‌های دیگری همچون تقوا، زهد و سخاوت سخن گفته‌اند.

به عنوان نمونه ابن تیمیه ملقب شدن او به جواد را، به دلیل شهرتش در سخاوت و بزرگواری می‌داند.جاحظ عثمان معتزلی نیز، محمد بن علی(ع) را عالم، زاهد، عبادت‌پیشه، شجاع، بخشنده و پاک معرفی کرده است.

بنابر نقل شیخ مفید، امام جواد(ع) ۴ فرزند به نام‌های علی، موسی، فاطمه و امامه داشت. برخی دختران امام را ۳ تن به نام‌های حکیمه، خدیجه و ام کلثوم می‌دانند. در برخی از منابع متأخر از ام محمد و زینب نیز به عنوان دختران آن حضرت یاد شده است.

بر اساس گزارش مورخان، امام جواد(ع) در سال ۱۹۵ هجری قمری در مدینه به دنیا آمد. درباره روز و ماه ولادت او اختلاف است. بیشتر منابع، تولد او را در ماه رمضان دانسته‌اند. 

از برخی روایات برمی‌آید که قبل از تولد جواد الائمه، برخی از واقفیان می‌گفتند علی بن موسی چگونه می‌تواند امام باشد در حالی که از خود نسلی ندارد. از این‌رو وقتی که جوادالأئمه به دنیا آمد، امام رضا(ع) او را مولودی پربرکت برای شیعیان توصیف کرد.

با این حال حتی پس از تولد او نیز، برخی از واقفیان، انتساب او به امام رضا(ع) را منکر شدند. آنان می‌گفتند جوادالأئمه از نظر چهره به پدرش شباهت ندارد، تا اینکه قیافه‌شناسان را حاضر کردند و آنان امام جواد(ع) را فرزند امام رضا دانستند.

درباره زندگی حضرت جواد(ع)، اطلاعات چندانی در منابع تاریخی نیامده است. دلیل آن را محدودیت‌های سیاسی حکومت عباسی، تقیه و عمر کوتاه او دانسته‌اند. او در مدینه زندگی می‌کرد. بنا بر گزارش ابن بیهق، یک بار برای دیدار پدر به خراسان سفر کرد. و پس از امامت نیز چندین بار از سوی خلفای عباسی به بغداد احضار شد.